A horvát középpályás első madridi szezonja erősen felemásra sikeredett. Azt mindenki láthatta, hogy rendkívüli potenciál van a játékosban, ám a csapatot frissen átvevő Zinédine Zidane nem szeretett volna kockáztatni egy hullámzó teljesítményt nyújtó játékossal, a Las Palmas elleni hibája után pedig végleg feketelistára szorult Mateo.
Szinte nyílt titok, hogy nyáron közel állt a távozáshoz, ám edzője személyes kérésére és biztató szavainak hatására végül a maradás mellett döntött. Utólag rendkívül jó döntésnek bizonyult ez részéről, hiszen a 2016/2017-es szezon első hónapjaiban rengeteg találkozón kapott lehetőséget, a játékperceket pedig nagyszerű teljesítménnyel és fáradhatatlan robotolással hálálta meg, többek között az El Clásicón és a városi derbin is.
Januártól azonban valami megváltozott. Kovačić érthetetlen mértékben vált ismét mellőzötté. Nem tudni, hogy pontosan mi áll a rejtélyes edzői döntések hátterében, de az vitathatatlan, hogy Casemiro felépülése erős szerepet játszik a horvát padozásában. A brazil tank lényegében folyamatosan játszik a sérülésből való visszatérése óta.
Ha mindez nem lenne elég, két további játékos is Mateo elé került a rangsorban: Isco és James Rodríguez. A szezon őszi felében mindkettőjükkel abszolút perememberként számolt Zizou, ám 2017-ben már nagyságrendekkel több lehetőséget kaptak, mint horvát társuk.
Egy kis statisztika: a Real Madrid legutóbbi tíz bajnokiján Mateo háromszor egyáltalán nem lépett pályára, négyszer volt csere (összesen 48 percet játszva), s habár háromszor a kezdőcsapat tagjaként kezdett, mindegyik alkalommal lecserélte őt Zidane, minimum kétszer technikai döntés értelmében. Mateónak a Bajnokok Ligájában sem termett sokkal több babér, hiszen a Napoli elleni párharcon egyetlen percet sem játszott, a visszavágón pedig még a keretbe sem válogatották be.
